1. 서설

최근 법제처의 근로자의 고용·해고·퇴직에 관한 서류 보존연한에 대한 해석례(2025.11.6., 25-0614)에서 근로기준법상 3년 보존이 원칙이나 세법(국세기본법)상 장부 및 증거서류의 성격을 동시에 가질 경우(세무감사 등) 5년 보존의무가 적용된다고 봄에 따라 실무적으로 근로자들의 임금대장,퇴직금 산정 내역 등 특히 세금정산과 관련 중요한 근거자료에 대해 몇 년을 보존해야하는지에 대하여 살펴보도록 하겠습니다.

2. 관련 법규

1) 근로기준법 제42조(계약 서류의 보존) 사용자는 근로자 명부와 대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류를 3년간 보존하여야 한다.

2) 근로기준법 시행령 제22조(보존 대상 서류 등)

① 법 제42조에서 “대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류”란 다음 각 호의 서류를 말한다.

1. 근로계약서

2. 임금대장

3. 임금의 결정ㆍ지급방법과 임금계산의 기초에 관한 서류

4. 고용ㆍ해고ㆍ퇴직에 관한 서류

5. 승급ㆍ감급에 관한 서류

6. 휴가에 관한 서류

7. ~ 9. <생략>

※위반시 벌칙 : 근로기준법 제116조(벌칙) ②제42조를 위반한 자에게는 500만원 이하의 과태료를 부과한다.

3) 국세기본법 제85조의3(장부 등의 비치와 보존)

① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.

③ 납세자는 제1항에 따른 장부와 증거서류의 전부 또는 일부를 전산조직을 이용하여 작성할 수 있다.

※위반시 벌칙 : 국세기본법 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

3. 관련 최근 법제처 해석의 요지 : 25-0614, 2025.11.6.

「근로기준법 시행령」 제22조제1항제4호에 따른 고용·해고·퇴직에 관한 서류가 「국세기본법」 제85조의3제1항에 따른 장부 및 증거서류에 해당하는 경우에는, 두 법률이 입법 목적을 달리하고 어느 법이 다른 법의 적용을 배제한다는 명문 규정이 없으므로, 「근로기준법」과 「국세기본법」의 관련 규정이 모두 적용됩니다.

4. 고용·퇴직 등 인사서류는 몇 년을 보존해야하는지?

근로기준법 제42조에 따라 3년 보존연한이 법적 규정에 해당되나 인사서류 중 국세기본법상 장부 및 증거서류에 해당하는 경우로 예를들어 국세청에서 세무감사가 나와 4~5년전 임금대장과 퇴직금(퇴직연금) 계산 내역 등 세금정산과 관련된 서류 제출을 요구할 경우 법제처의 해석에 따라 회사는 근로기준법과 국세기본법 모두를 준수해야하는 법적의무가 있으므로 세금과 관련된 인사 서류들에 대해서는 5년을 보존하는 것이 서류 미제출로 인한 가산세 부과의 리스크가 발생하지 않으므로 유의하여 관리해야 할 것으로 사료됩니다. 이상.

제631호

2026. 01. 05.

노무법인 두레

※ 본 작성 글은 노무법인의 입장에서 작성한 주제로 해석 등이 달라 질 수 있으므로 참조는 할 수 있으나 법적 판단 및 권리주장 등을 위한 자료로 사용할 수 없으며, 무단복제 및 게시는 금지하는 점 참고 바랍니다